Alain Afflelou est issu d'une famille de confession juive originaire de Mascara, dans le département d'Oran puis de Mostaganem, en Algérie française. Ses parents, Isaac Afflelou et Fernande Amsellem, sont boulangers à Sidi Bel Abbès - rue Jean-Jacques Rousseau, à la boulangerie « La Gerbe d’or ». En 1962, à l'indépendance de l'Algérie, il part en France avec ses parents, sa sœur, Éliette, et son frère, Maurice, comme des centaines de milliers de Pieds-Noirs, et s'installe à Bordeaux.

Alain Afflelou a eu trois fils de Joëlle Miler qu'il épouse en 1971 : Lionel, Laurent et Romain, né en 1980, puis un quatrième fils, Anthony, né en 1991, de l'ancienne coco-girl, Alexandra Lorska, avec qui il a vécu pendant neuf ans. Il s'est remarié le 12 décembre 2002 avec l'ex-mannequin néerlandais et ancienne compagne d'Alain Delon, Rosalie van Breemen, dont il est divorcé depuis juillet 2008. Le 6 février 2014, il épouse Christine Coulaud.

En 1972, après avoir été diplômé à l'institut et centre d'optométrie de Bures-sur- Yvette, il ouvre son premier magasin au Bouscat, dans la banlieue de Bordeaux, à l'âge de 24 ans. En 1978, il crée la chaîne de magasins d'optique qui porte son nom, par le biais d’un réseau de franchises. Il est parvenu à imposer la marque dans le paysage français de l'optique, notamment grâce à une publicité autour de sa personne. À la date du 6 novembre 2007, le fonds d'investissement Bridgepoint Capital, par l'intermédiaire de la société 3 AB Optique Financement, est propriétaire de 96,08 % de la société Alain Afflelou. En juillet 2012, Lion Capital Brand entre au capital du groupe Alain Afflelou à hauteur du 77,19 %, Alain Afflelou détenant quant à lui 21,97 % du groupe.

Après avoir habité entre Genève et Paris, il vit entre Paris et Biarritz avant de s'installer à Londres.

En décembre 2012, l’opticien dénonce une « fiscalité injuste et confiscatoire », et part s'installer au Royaume-Uni pour des raisons professionnelles indépendantes de ses déclarations. Il dit sur RTL le 22 décembre 2012 qu'il continuera de payer une partie de ses impôts en France, l'impôt de solidarité sur la fortune (ISF) notamment. Le 27 janvier 2014, le journal Le Monde a cité, entre autres, le nom d'Alain Afflelou comme évadé fiscal en Suisse dans le cadre du fichier d'HSBC.

Alain Afflelou réalise un premier partenariat dans le football, entre 1986 et 1988, avec l'AS Monaco qui deviendra champion de France. Afflelou sera de nouveau le sponsor de l'ASM de 2014 à 2016 et lors de la saison 2019-2020. En 2020, Afflelou annonce la prolongation de son partenariat jusqu'en 2022 avec l'ASM.

Il devient ensuite président des Girondins de Bordeaux qui évoluent en 1re division, de 1991 à 1996.

De juillet 1996 à 2001, il est président du club de l'US Créteil (D3 puis D2). En 1998, alors que le club a de bons résultats en 3e division et des probabilités de montée en 2e division, il comprend que le stade Dominique-Duvauchelle aura peu de chance d’être homologué tel quel. Il construit alors le projet de déménager le club au Stade de France qui ne possède pas de club résident. Mais, devant l'avis négatif des supporteurs et de la plupart des dirigeants, l’US Créteil reste dans son stade d’origine où des travaux d'agrandissement et de mise aux normes sont effectués lors de la montée en deuxième division en 1999. Il décide de quitter le club deux ans plus tard.

En 2004, Alain Afflelou souhaite racheter le Racing Club de Strasbourg. Mais c'est finalement Philippe Ginestet qui le rachète et en devient président après de longues tractations.

De 2006 à 2009, Alain Afflelou est partenaire du Paris Saint-Germain.

En 2016, Alain Afflelou est partenaire officiel de la Coupe de la Ligue.

Le 10 octobre 2007, la société Alain Afflelou devient le partenaire officiel de l'Aviron bayonnais26 dont il prend la présidence le 10 décembre 2011.

Le 21 février 2014, Alain Afflelou présente sa démission alors que le club occupe la 12e place du Top 1428. Après avoir initialement annoncé une réduction de sa participation au budget du club, Alain Afflelou renforce en mai 2014 sa position au sein de l'Aviron bayonnais et détient alors près de 40 % du club.

En mars 2015, Alain Afflelou revend ses parts, qui avoisinent les 50%, aux 21 actionnaires de l'Aviron bayonnais, qui se réunissent dans la société AB Lagunak. Afflelou reste quand même le plus grand sponsor du club en donnant 200 000 € en tant que sponsor pour les maillots.

Alain Afflelou a été fait chevalier de la Légion d'honneur le 31 décembre 2006.

Alain Afflelou a été entendu en tant que témoin assisté dans l'enquête sur le financement de l'usine de chauffage de La Défense, Climadef. Selon le journal Libération, la justice le soupçonne d'avoir touché des commissions occultes à la suite d’un prêt de 72,5 millions d'euros.